Entre las seis regiones biogeográficas del planeta, la Neotropical (América Central y América del Sur) destaca por presentar los niveles más altos de biodiversidad, motivo por el que ha sido históricamente uno de los principales objetivos de los naturalistas de todo el mundo. Entre la variedad de riquísimos ecosistemas que alberga el Neotrópico, el Pantanal es uno de los más sobresalientes. Con mayor área que los Llanos de Venezuela, constituye la mayor superficie inundable de la Tierra, ocupando aproximadamente una extensión de 200.000 Km², formada por los sedimentos erosionados desde las sierras que lo rodean y transportados por el río Paraguay y sus afluentes. El 80 % de este enorme humedal se encuentra en territorio brasileño, en los estados de Mato Grosso y Mato Grosso do Sul. El resto ocupa la zona fronteriza contigua de Bolivia y Paraguay.

Ecológicamente, se trata de una sabana, donde predominan las áreas abiertas y la vegetación dispersa, con islas diseminadas de densa floresta. Estos sistemas son, sin lugar a dudas, los más privilegiados para la observación de la fauna, ya que en el caso de otros riquísimos hábitats de vegetación muy densa, como la selva amazónica, esto se convierte en un objetivo bastante más complicado. A diferencia de las sabanas africanas, las neotropicales son húmedas, presentando una inundación prácticamente completa durante seis meses, y un paisaje seco con lagunas dispersas y ríos durante los otros seis. La gran disponibilidad de agua y el clima tropical disparan los niveles de diversidad biológica en todas las épocas del año.

La altitud media de la planicie es de unos 100 m sobre el mar, y el nivel del agua del humedal varía en función de la estacionalidad e intensidad de las lluvias. Con una pluviosidad media anual de entre 1000 y 1400 mm, el año se divide en dos estaciones bien diferenciadas: la época de lluvias y la seca. La primera ocurre desde noviembre hasta abril, pudiendo aumentar el nivel de agua en 3 m de altura, permaneciendo entonces el 80 % de la llanura inundada. Esto, además de un espectáculo paisajístico y faunístico único, otorga a la región los mayores niveles de diversidad de vegetación acuática del mundo. De mayo a octubre las lluvias cesan y el nivel de agua desciende, quedando siempre lagunas permanentes diseminadas por el territorio que aportan, junto con los ríos, áreas de disponibilidad de agua y alimento donde se acumulan masivas concentraciones de fauna en estos períodos de sequía, dando lugar a imágenes impresionantes que pueden verse en pocos lugares del planeta. Especialmente, en el caso de las aves acuáticas, que convierten estas zonas de alimentación en objetivo imprescindible para ornitólogos y fotógrafos.

Considerado como unos de los ecosistemas más ricos en flora y fauna que existen, alberga más de 3500 especies vegetales, 650 aves, 300 mamíferos, 480 reptiles y 400 peces. Ha sido reconocido como Reserva de la Biosfera y Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO. En Brasil está protegido como Área de Preservación Ambiental y un área de 1.400 Km² fue declarada Parque Nacional. La propia pista de tierra que lo atraviesa en su zona norte, la Transpantaneira, y sus constantes puentes de madera, están protegidos igualmente por las leyes ambientales, con la denominación de Rodovía Parque, ya que constituye por sí misma en todo su recorrido un punto caliente de biodiversidad.